摘要
应用TCMSP、BATMAN-TCM、PubChem、Swiss Target Prediction等数据库筛选调肝活血稳压颗粒核心药物的生物活性成分,并预测其靶点;应用DisGeNET、Genecards数据库收集高血压相关靶点;利用Venny 2.1软件对调肝活血稳压颗粒核心药物与高血压的靶点进行映射,获得药物-疾病共同靶点,并绘制韦恩图,构建“药物-成分-交集靶点”网络图,筛选获得核心活性成分;运用STRING数据库及Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选获得核心靶点;应用David数据库,进行药物-疾病共有靶点基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。
预测得到调肝活血稳压颗粒核心药物的重要活性成分57种,对应靶点703个,核心药物-高血压共同靶点238个,GO富集分析结果为生物学过程952个、细胞组成112个、分子功能203个,KEGG富集分析得到信号通路169条。其中,天麻苷元、安枯斯特定碱、4-(氨甲基)苯酚、γ-谷甾醇、槲皮素等活性成分可能是本方治疗高血压的重要活性成分,潜在核心靶点为SRC、EGFR、MAPK3、STAT3、AKT1等,KEGG通路富集分析主要涉及钙离子通道、脂质及动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗、内分泌抵抗、MAPK信号通路、细胞的分化及凋亡、炎症免疫等多方面机制变化。
※基金项目 国家中医药管理局2022年全国名老中医药专家传承工作室建设项目(No.国中医药人教函〔2022〕75号);江西省中医药中青年骨干人才培养计划(No.赣中医药科教字〔2021〕4号);江西省中医药科技计划重点项目(No.2021Z013);江西省教育厅科技计划项目(No.GJJ211216);江西中医药大学校级研究生创新专项资金项目(No.JZYC22S46)
高血压是常见的心血管疾病之一,严重威胁人类的生命健
高血压多发于中老年人
在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php)以口服生物利用度(OB)值≥30%、类药性(DL)≥0.18,另加用Lipinski规则Mw≤500、Hdon≤5、Hacc≤10、Alog P≤5为限制条件精确筛选调肝活血稳压颗粒的核心药物(三七、丹参、杜仲、钩藤、桑寄生、益母草)化学成分;不能在TCMSP查找到的药物(天麻、石决明),通过BATMAN数据库(http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/)以score≥20及P value<0.05为限制条件查找其化学成分及作用靶点。此外,通过文献检索进一步补充中药的活性成分。通过PubChem数据库(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)查找活性成分的化学结构,将主要成分的化学结构导入Swiss Target Prediction(http://old.swisstargetprediction.ch/)获得单个主要成分的相应靶点,排除无对应基因名及重复靶点。
以“essential hypertension”为关键词在DisGeNET数据库(https://www.disgenet.org/)和GeneCards数据库(https://www.genecards.org)检索,此外,以相关性分数(Relevance score)≥4.00进一步筛选GeneCards数据库靶点。合并两数据库的靶点,删除重复靶点,得到高血压靶点。
将高血压和调肝活血稳压颗粒核心药物靶点导入Venny 2.1.0(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/)在线绘图工具得到共同靶点及韦恩图。
利用Cytoscape 3.9.1软件构建核心中药、成分和交集靶点的可视化“中药-成分-靶点网络”,根据导出的Node table以度(Degree)值及Betweenness评价核心成分治疗高血压的重要程度。
利用STRING数据库(https://cn.string-db.org/)获得关键靶点相互作用数据,其中设置物种为Homo sapiens,置信度为0.700(高置信度)。将数据导入Cytoscape 3.9.1软件进行拓扑分析和绘制蛋白质相互作用(protein-protein interaction network,PPI)网络图。并以得到的Degree值进一步筛选出关键靶点。
在David网站(https://david.ncifcrf.gov/)导入交集基因,物种选择“Homo sapiens”,进行基因本体(gene ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,将数据导入微生信网站(http://www.bioinformatics.com.cn/),制作GO、KEGG富集分析图。
最终收集到调肝活血稳压颗粒核心药物活性成分共57个,其中三七2个,天麻8个,丹参26个,钩藤6个,益母草2个,石决明1个,杜仲11个,桑寄生2个。不同药物所含有的共同活性成分见
药物 | 分子ID | 活性成分 | 编码 | OB值(%) | DL值 |
---|---|---|---|---|---|
三七、杜仲、桑寄生、益母草 | MOL000098 | 槲皮素(Quercetin) | SQ2 | 46.43 | 0.28 |
丹参、杜仲 | MOL007059 | 3-β-羟甲基苯醌(3-β-hydroxymethylbenzoquinone) | DS7 | 32.16 | 0.41 |
杜仲、益母草、钩藤 | MOL000422 | 山柰酚(Kaempferol) | DZ10 | 41.88 | 0.24 |
桑寄生、天麻 | MOL000359 | 谷甾醇(Sitosterol) | SJS1 | 36.91 | 0.75 |
通过Venny 2.1.0在线软件作图工具平台输入703个药物相关靶点及1674个疾病相关靶点,并绘制韦恩图,两者取交集后获得药物-疾病共同靶点238个。见

图1 调肝活血稳压颗粒核心药物-高血压靶点韦恩图
将调肝活血稳压颗粒核心药物、57个潜在活性成分与238个药物-疾病共同靶点导入Cytoscape 3.9.1 软件,删除与靶点无交集的孤立成分,绘制出“药物-成分-靶点”相互作用的网络图,具体见图2。将分析所得数据导出后对活性成分进一步分析,以Degree≥5为筛选条件,获得18种活性成分,见
分子ID | 活性成分 | 英文名称 | Degree值 |
---|---|---|---|
MOL008456 | (3E,4R)-4-(1,3-苯并二氧杂环戊烯-5-基甲基)-3-[(3,4,5-三甲氧基苯基)亚甲基]氧杂环戊烷-2-酮 | (3E,4R)-4-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-3-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)methylidene]oxolan-2-one | 41 |
MOL006927 | 天麻苷元 | p-Hydroxybenzyl alcohol | 23 |
MOL008458 | 安枯斯特定碱 | Angustidine | 21 |
MOL008463 | 钩藤碱C | Pteropodine | 18 |
MOL008465 | 多毛碱 | (E)-16,17-Didehydro-17-methoxy-17,18-seco-3-beta-yohimban-16-carboxylic acid methyl ester | 17 |
/ | 4-(氨甲基)苯酚 | 4-Hydroxybenzylamine | 13 |
MOL007121 | 丹参环庚三烯酚酮 | miltipolone | 10 |
MOL002320 | γ-谷甾醇 | Gamma-Sitosterol | 10 |
MOL000098 | 槲皮素 | quercetin | 9 |
MOL001792 | 甘草素 | Liquiritigenin | 8 |
MOL007132 | (2R)-3-(3,4-二羟基苯基)-2-[(Z)-3-(3,4-二羟基苯基)丙烯酰基]氧基丙酸 | (2R)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)-2-[(Z)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)acryloyl]oxy-propionic acid | 8 |
MOL007048 | 图尔烯叶酸A | (E)-3-[2-(3,4-dihydroxyphenyl)-7-hydroxy-benzofuran-4-yl]acrylic acid | 6 |
MOL007064 | 普氏原羚 B | Przewalskin b | 6 |
MOL008240 | (E)-3-[4-[(1R,2R)-2-羟基-2-(4-羟基-3-甲氧基苯基)-1-羟甲基乙氧基]-3-甲氧基苯基]丙烯醛 | (E)-3-[4-[(1R,2R)-2-hydroxy-2-(4-hydroxy-3-methoxy-phenyl)-1-methylol-ethoxy]-3-methoxy-phenyl]acrolein | 6 |
MOL007150 | 丹参二醇A | (6S)-6-hydroxy-1-methyl-6-methylol-8,9-dihydro-7H-naphtho[8,7-g]benzofuran-10,11-quinone | 5 |
MOL007050 | 2-(4-羟基-3-甲氧基苯基)-5-(3-羟丙基)-7-甲氧基-3-苯并呋喃甲醛 | 2-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)-5-(3-hydroxypropyl)-7-methoxy-3-benzofurancarboxaldehyde | 5 |
MOL009031 | 表奎尼丁 | Cinchonan-9-al,6'-methoxy-,(9R)- | 5 |
MOL000842 | 蔗糖 | Sucrose | 5 |

紫色为调肝活血稳压颗粒核心的8种药物;绿色为调肝活血稳压颗粒核心药物潜在的57种活性成分;黄色为238个共同靶点图2 调肝活血稳压颗粒核心药物-活性成分-靶点网络
将238个共同靶点导入STRING平台构建PPI网络图(

图3 调肝活血稳压颗粒核心药物-高血压共同靶点相互作用网络图

图4 调肝活血稳压颗粒核心药物与高血压共同靶点PPI网络图
将上述238个疾病-药物共同靶基因导入到David数据库进行GO富集分析,包括3个方面,即生物过程(Biological、Process,BP)、细胞组分(Cellular、Component,CC)和分子功能(Molecular、Function,MF),共得到BP 952个、CC 112个、MF 203个。矫正后P值越小则富集程度越高,根据矫正后P值大小,最终筛选出富集程度最高的20位条目,并通过微生信网站制作气泡图。BP主要涉及炎症反应、信号传导、胞浆钙离子浓度正调控、细胞迁移、增殖、凋亡调控、转录调控、MAPK正调控等(见

图5 调肝活血稳压颗粒核心药物和高血压共有靶点的GO富集分析BP气泡图
纵轴为富集到的相关条目描述信息;横轴为相关条目的错误拒绝率。气泡的大小代表基因富集数量,富集基因条目越多,气泡越大;颜色对应P值,从大到小,对应绿色到红色,P值越小,富集程度越高,条目越重要。图6、图7亦同

图6 调肝活血稳压颗粒核心药物和高血压共有靶点的GO富集分析CC气泡图

图7 调肝活血稳压颗粒核心药物和高血压共有靶点的GO富集分析MF气泡图
通过KEGG通路富集分析,共获得169条通路。矫正后P值越小则富集程度越高,根据矫正后P值大小,最终筛选出富集程度最高的20条通路,并绘制KEGG柱状图(

图8 调肝活血稳压颗粒核心药物和高血压共有靶点的KEGG通路富集分析柱状图
纵轴为富集到的通路描述信息;横轴为相关通路差异基因个数。颜色对应P值,从大到小,对应蓝色到红色,P值越小,富集程度越高,通路越重要
根据高血压病的临床表现,中医学有“眩晕”“头痛”等相似症状的疾病,其病因病机及治疗方法的相关论述丰富。一项高血压患者中医分布规律的研究提出,高血压是在肝病启动火热因素的前提下,与肾一同介导阴虚阳亢,之后痰瘀从心脾滋生,日久伤及心
在调肝活血稳压颗粒的核心药物中,天麻苷元、安枯斯特定碱、4-(氨甲基)苯酚、γ-谷甾醇、槲皮素等活性成分靶定高血压相关基因较多。天麻苷元易透过血脑屏障,具有中枢抑制效
通过PPI网络分析可知,调肝活血稳压颗粒治疗高血压的核心靶点主要有酪氨酸激酶(SRC)、表皮生长因子受体(EGFR)、丝裂原激活蛋白激酶3(MAPK3)、信号传导转录激活子(STAT3)、RAC-α丝胺酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)等。其中SRC家族中c-Src激活是血管平滑肌细胞(VSMC)中AngⅡ刺激ERK1/2(MAPK3/1)所必需的,在AngⅡ介导的信号转导中起重要作
GO功能注释表明,调肝活血稳压颗粒的降压效果主要涉及炎症反应、信号传导、胞浆钙离子浓度正调控、细胞迁移、增殖、凋亡调控、转录调控、MAPK正调控等生物过程,通过离子、酶、受体、蛋白、ATP、血红素的结合及激酶、转录因子等分子功能传达信号,在膜、突触、轴突、膜筏、质膜、胞浆、细胞外区等多处进行表达。本研究通过KEGG通路富集分析发现,调肝活血稳压颗粒治疗高血压的靶点主要富集在钙离子通道、脂质及动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗、内分泌抵抗、MAPK信号通路等信号通路中,涉及到细胞的分化、增殖、凋亡及氧化应激、炎症免疫、内皮功能受
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