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基于网络药理学分析葛根芩连汤治疗高血压的机  PDF

  • 王登川
广东省深圳市龙华区中心医院(广东 深圳 518110)

最近更新:2023-04-17

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摘要

目的

利用网络药理学方法分析葛根芩连汤治疗高血压的作用靶点和信号通路,探讨其治疗高血压的作用机制。

方法

通过中医药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)收集葛根芩连汤的活性成分及其相关作用靶点,并与人类表型本体数据库(HPO)等多种高血压数据库收集的高血压靶点取交集,构建药物-疾病靶点库。运用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络,并筛选核心靶点。最后借助DAVID在线工具对靶点库基因的基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。

结果

共筛选出葛根芩连汤有效活性成分105种,主要活性成分为花生酸、蝙蝠葛碱、延胡索乙素;治疗高血压的潜在作用靶点67个,其中核心基因包括白蛋白、肿瘤坏死因子、基质金属蛋白酶9、血管紧张素原、血管紧张素Ⅱ-1型受体等;作用靶点主要参与的分子功能为G蛋白偶联受体通路、信号转导、炎症反应、胞浆Ca2+浓度调控等,主要作用通路涉及神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、帕金森病、cGMP-PKG信号通路、cAMP信号通路等。

结论

葛根芩连汤主要通过多成分、多靶点、多通路发挥降血压作用,其治疗高血压的作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路有关。

高血压是指血管持续受到较高压力时出现的一种疾病,是心脑血管病最主要的危险因素。据世界卫生组织报道,全球每年由高血压并发症导致的死亡为940万[

1]。我国高血压患病率不断攀升,且城乡差距正在缩小,据《健康中国行动(2019—2030年)》显示,我国现有高血压患者2.7亿人,成人居民高血压患病率为25.2%[2]。近年来中医药在治疗高血压方面取得了一定的成绩,不仅能够很好地控制血压,还能改善症状并提高患者生活质[3]

葛根芩连汤来源于《伤寒论》,为解表清里之剂,现临床上将其广泛运用于内分泌系统疾病、心脑血管疾病、消化系统疾病[

4]。经临床证实,葛根芩连汤对高血压的疗效显[5-7],然而其机制尚不明确,且缺乏系统性研究。由于中药成分的多样性和与人体相互作用的复杂性,目前发掘复方的潜在分子机制仍然相当困难。近年来系统生物学的研究可比较直观地揭示药物发挥作用的网络结构,生物信息学的蓬勃发展也为明确中药复方的作用机制提供了可能性。因此,本研究选用网络药理学方法,初次基于系统生物学的角度挖掘葛根芩连汤防治高血压病的作用机理,以求为葛根芩连汤防治高血压提供研究基础。

1 材料与方法

1.1 数据库及软件

中医药分子机制生物信息学分析工具(Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of TCM,BATMAN-TCM,http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/index.php[

8];人类表型本体数据库(Human Phenotype Ontology,HPO,https://hpo.jax.org/app/);治疗靶点数据库(Therapeutic target database,TTD,http: //bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/);在线人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM,http://www.omim.org/);Genecards数据库(https://www.genecards.org/);Venny 2.1.0(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html);蛋白质互相作用平台String数据库(https://cn.string-db.org/);网络拓扑属性分析软件Cytoscape 3.9.1;DAVID在线工具(https://david.ncifcrf.gov/);微生信平台(http://www.bioinformatics.com.cn/)。

1.2 葛根芩连汤活性成分及作用靶点筛选

葛根芩连汤由葛根、黄芩、黄连和甘草四味中药组成,借助BATMAN-TCM数据库对每味药的活性成分及靶基因进行筛选。筛选标准为Score cutoff=40,P<0.05。排除重复项和无靶基因的化学成分,统一化合物名称,最终获得葛根芩连汤的有效活性成分和靶基因。

1.3 葛根芩连汤-高血压靶基因集构建

在HPO、TTD、OMIM和Genecards数据库以“Hypertension”(高血压)为检索词获取高血压靶基因,合并去重后得到高血压靶点数据库,与葛根芩连汤的靶基因取交集后得到葛根芩连汤-高血压靶基因集。其中Genecards数据库高血压靶基因的筛选标准为Relevance score>10。

1.4 网络构建及分析

1.4.1 “化合物-靶基因”网络构建

将葛根芩连汤有效成分及其高血压靶基因集的相关关系导入Cytoscape软件构建黄芩黄连汤的化合物-靶基因(Compound-Target,C-T)网络图,以探究其有效成分和靶基因的相互作用。利用Network Analyzer模块对药物和靶基因进行拓扑分析,度(degree)值表示网络中节点连边的条数,根据度值的大小筛选出相互作用中的关键化合物和作用靶点。

1.4.2 蛋白相互作用网络构建及核心基因分析

将葛根芩连汤治疗高血压的靶基因集导入String数据库,获取蛋白相互作用关系,筛选参数为最低相互作用分数(minimum required interaction score)>0.4;利用Cytoscape构建可视化蛋白质互相作用平台(Protein-protein interaction,PPI)网络,并利用cytoHubba模块的MCC算法筛选PPI网络中的核心基因。

1.5 生物信息学富集分析

将葛根芩连汤治疗高血压的靶基因集导入DAVID在线分析工具,进行基因本体(Gene ontology,GO)分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。选择P<0.05、最小计数为2及富集因子>2的基因功能群,分别进行生物过程(Biology Process,BP)、细胞组成(Cellular Component,CC)、分子功能(Molecular Function,MF)以及KEGG通路分析,并绘制GO富集分析柱状图及KEGG通路信息图。

2 结果

2.1 葛根芩连汤活性成分及作用靶点

BATMAN-TCM数据库内葛根芩连汤全部药物成分共235个,按照Score cutoff=40的标准进行筛选,共得到有效活性成分105个、靶基因467个。

2.2 葛根芩连汤-高血压靶基因集

经HPO、TTD、OMIM和Genecards数据库检索高血压靶基因分别为297、110、68和182个,合并去重后共得到高血压靶基因546个。高血压靶基因与葛根芩连汤的靶基因取交集后,获得交集基因67个(见图1),作为葛根芩连汤-高血压靶基因集。通过Venn图分析发现,葛根芩连汤对高血压的靶基因映射率为7.1%,表明该复方存在高血压相关的作用靶点,对高血压具有特异性的治疗作用。

图1  葛根芩连汤与高血压的药物-疾病交集靶基因

2.3 网络构建及分析

2.3.1 “化合物-靶基因”网络构建

因葛根芩连汤中26个有效成分无高血压相关靶基因,将剩余79个有效成分及其预测的67个高血压靶基因的相关关系导入Cytoscape软件构建黄芩黄连汤的C-T网络。如图2所示,网络模型中包含148个节点和245条边,表明葛根芩连汤治疗高血压是通过多分子、多靶点起作用的。度值排名前10位的有效成分为花生酸、蝙蝠葛碱、三羟基丁二酸和甘草次酸及其衍生物、延胡索乙素等,见表1。关键靶点主要属于核受体、胆碱能受体、前列腺素E受体、细胞色素P450等家族蛋白,见表2

图2  葛根芩连汤与高血压的C-T网络图

黄色节点表示有效成分,绿色节点表示靶基因

表1  葛根芩连汤治疗高血压关键有效成分
编号有效成分度值
1 花生酸(Arachidic Acid) 13
2 蝙蝠葛碱(Dauricine) 10
3 三羟基丁二酸(Trihydroxybufosterocholanic Acid) 10
4 甘草次酸(Glycyrrhetinic Acid) 10
5 α-三羟基粪甾烷酸(Alpha-Trihydroxy Coprostanic Acid) 10
6 18α-甘草次酸(18alpha-Glycyrrhetinic Acid) 9
7 3-甲基-6,7,8-三氢吡咯[1,2-A]嘧啶-2-酮 (3-Methyl- 6,7,8-Trihydropyrrolo[1,2-A]Pyrimidin-2-One) 9
8 延胡索乙素(Tetrahydropalmatine) 9
9 18β-甘草次酸(18beta-Glycyrrhetinic Acid) 8
10 灵芝酸A(Ganoderic Acid A) 8
表2  葛根芩连汤治疗高血压关键靶基因
编号靶基因名称基因ID度值
1 核受体亚家族3C组成员1(NR3C1) 2908 33
2 微粒体甘油三酸酯转运蛋白(MTTP) 4547 19
3 核受体亚家族3C组成员2(NR3C2) 4306 13
4 胆碱能受体烟碱α2亚单位(CHRNA2) 1135 8
5 细胞色素p450家族17亚家族A成员1(CYP17A1) 1586 8
6 前列腺素E受体蛋白4(PTGER4) 5734 8
7 前列腺素E受体蛋白2(PTGER2) 5732 8
8 前列腺素E受体蛋白3(PTGER3) 5733 8
9 毒蕈碱型胆碱受体M3(CHRM3) 1131 7
10 乙酰胆碱脂酶(ACHE) 43 7

2.3.2 PPI网络的构建及核心基因分析

为了探究葛根芩连汤治疗高血压的作用基因,将基因集导入String数据库获取PPI网络图,见图3。PPI网络中包含67个蛋白质节点,214条相互作用关系;平均节点度值为6.39,平均局部聚类系数为0.574。经筛选后得出PPI网络中的前10位核心基因(见图4)分别为:白蛋白(albumin,ALB)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、基质金属蛋白酶9(matrix metallopeptidase 9,MMP9)、血管紧张素原(angiotensinogen,AGT)、血管紧张素Ⅱ-1型受体(angiotensin II receptor type 1,AGTR1)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ (peroxisome proliferator activated receptor gamma,PPARG)、嗜中性粒细胞胞浆因子1(neutrophil cytosolic factor 1,NCF1)、凝血因子Ⅱ(coagulation factor Ⅱ,F2)、琥珀酸脱氢酶复合体C亚基(succinate dehydrogenase complex subunit C,SDHC)、凝血因子Ⅲ (coagulation factor Ⅲ,F3)。

图3  葛根芩连汤治疗高血压基因集PPI网络图

图4  葛根芩连汤治疗高血压核心基因网络图

红色→黄色表示MCC值依次递减

2.4 功能富集分析与通路分析

2.4.1 GO富集分析

使用DAVID工具对靶基因集进行GO富集分析,结果见图5。可以看出,靶基因集主要参与生物过程的显著性从大到小依次为:G蛋白偶联受体信号通路(G-protein coupled receptor signaling pathway)、信号转导(signal transduction)、炎症反应(inflammatory reaction)、胞浆Ca2+浓度的正调控(positive regulation of cytosolic calcium ion concentration)、化学性突触传递过程(chemical synaptic transmission);靶基因集主要分布的细胞部位从前到后依次为:细胞质膜、膜的整体成分(integral component of membrane)、细胞质膜的整体成分(integral component of plasma membrane)、线粒体(mitochondrion)、树突(dendrite);靶基因集主要分子功能的关联性从大到小依次为:药物结合(drug binding)、血红素结合(heme binding)、G蛋白偶联乙酰胆碱受体活性(G-protein coupled acetylcholine receptor activity)、电子载体活性(electron carrier activity)、铁离子结合(iron ion binding)。

图5  葛根芩连汤治疗高血压靶基因集的GO功能分析

2.4.2 KEGG通路富集分析

应用DAVID工具对靶基因集进行KEGG通路富集分析,共得到22条富集通路,通过气泡图展示富集结果,见图6。可以看出,葛根芩连汤治疗高血压的主要作用通路关联性从强到弱依次为神经活性配体-受体相互作用(Neural ligand-receptor interaction)、钙信号通路(Calcium signaling pathway)、帕金森病(Parkinson's disease)、cGMP-PKG信号通路(cGMP-PKG signaling pathway)、cAMP信号通路(cAMP signaling pathway)、胆碱能突触(Cholinergic synapses)、非酒精性脂肪肝(Non-alcoholic fatty liver disease)、阿尔茨海默病(Alzheimer's disease)、亨廷顿病(Huntington's disease)、肾素分泌(Renin secretion)。

图6  葛根芩连汤治疗高血压靶基因集的KEGG通路分析

3 讨论

高血压属于全球性常见慢性病,是心脑血管疾病发病和致死的一项重要危险因素,目前药物治疗仍是控制高血压最有效的治疗方[

9]。2017年,美国心脏协会和美国心脏病学会发布了高血压预防、治疗和管理指南,指南推荐的一线降压药物如噻嗪类利尿剂、血管紧张素转换酶抑制剂等大大降低了全球心血管病发生和死亡的危[10]。但这些药物存在不良反应和一定的局限性,如长期服用噻嗪类药物可引起血钾降低,血糖、血尿酸和血胆固醇增[11],β受体阻滞剂与其他降压药物相比,治疗组发生脑卒中的相对危险性要高16%[12]。同时,也有研[13]指出欧洲和北美高血压指南可能不适用于亚洲人,尤其对于亚洲老年患者,特别是美国高血压指南将高血压的诊断标准和治疗目标下移至130/80 mmHg不是基于中国的临床实践,可能不能适用于中[14]。因此,将单纯的抗高血压治疗转向心血管的全面保护渐渐收到重视,利用中医药改善患者整体状况也成为当下高血压治疗的研究热点。

高血压归属于中医学“眩晕”“头痛”等范畴,是一种脏腑功能失调的病症,与肝、脾、肾等脏腑有关。中医学治疗眩晕,多从肝肾、血脉、毒、络病方面论[

15]。许多中药和中药复方对高血压都有很好的治疗效果,如当归挥发油对于自发性高血压大鼠具有明显的降压效[16];五苓散对高血压的临床疗效明显,可改善患者各项临床症状,且不良反应[17];当归黄芪饮治疗难治性高血压患者的效果显[18]。研究表明,葛根芩连汤的有效成分可以改善和调节高血压发病的多种途径,其中葛根主要成分中的葛根素可以拮抗内皮细胞、肾素-血管紧张素系[19];黄芩中的黄芩素可以拮抗血管紧张素[20];黄连中的小檗碱可以通过加强乙酰胆碱作用从而降低血[21]。方中药物的其它成分,比如黄芩黄酮、黄芩苷及葛根黄酮还有抗氧化自由基、抗炎及保护心肌等作用。

然而,由于中药复方多成分、多靶点、多途径作用的复杂性,使得其治疗疾病的研究变得困难,葛根芩连汤治疗高血压的主要作用成分、靶点和相关通路的系统性研究还未见报道。网络药理学正是以“多基因、多靶点”的特点契合复杂疾病的治疗理念,即通过阐述药物-靶点-基因-疾病之间的复杂网络关系,进行新药研发和药物作用机制研究,也为中药复方作用机制的明确提供了可能[

22]。因此,本文基于系统生物学和网络药理学等方法,挖掘、分析葛根芩连汤治疗高血压可能作用靶点及其作用机制。

葛根芩连汤由葛根、黄芩、黄连和甘草构成,通过BATMAN-TCM分析,该方共含有105个有效活性成分,其中花生酸、蝙蝠葛碱、三羟基丁二酸和甘草次酸及其衍生物等活性成分靶定高血压相关基因最多。蝙蝠葛碱、延胡索乙素和灵芝酸具有降压作[

23-25],花生酸是高血压阴阳两虚证的代谢标志[26]。甘草次酸却具有升高血压的作[27],可能由于其水溶性低而不影响复方药效,在临床应用时值得注意。葛根芩连汤有效活性成分的靶基因共有467个,与高血压靶基因库取交集后得到含有67个基因的葛根芩连汤-高血压靶基因集。分析靶基因集中与有效活性成分关联较多的基因,其中NR3C1突变与高血压相[28],NR3C2基因多态性与汉族女性妊娠高血压风险相[29],胆碱能受体激活会导致高血压过早发[30],前列腺素对平稳血压的作用研究已有多年的历史。

为了进一步探索葛根芩连汤治疗高血压的作用基因,本文通过cytoscape软件筛选了核心基因,包括ALB、TNF、MMP9、AGT、AGTR1等,主要编码血浆中白蛋白、肿瘤坏死因子、基质金属肽酶、血管紧张素和凝血因子等蛋白。其中,ALB是白蛋白基因,能够编码人类血液中最丰富的蛋白质,在调节血浆胶体渗透压中起重要作用;AGT编码血管紧张素原前体,参与维持血压、体液和电解质平衡,并参与原发性高血压的发病机制,AGT基因多态性可显著增加非酒精性脂肪肝患者的冠心病风[

31];AGTR1基因编码介导血管紧张素Ⅱ的1型受体,介导其主要心血管效应,其基因多态性与中国内蒙古汉族人群糖尿病合并高血压有[32]

对葛根芩连汤-高血压靶基因集进行功能富集分析,结果表明靶基因集主要参与GPCR信号通路、信号转导、炎症反应、胞浆钙离子浓度的正调控和化学性突触传递过程。G蛋白偶联受体在健康和疾病的心脏功能调节中起着重要的生理作用,是药物靶向的最大一类表面受体之一,其GPCR拮抗剂被认为是治疗高血压等多种心血管疾病的标准药[

33]。炎症机制对于血压调节至关重要,关键的炎性趋化因子及其受体在靶器官中起到增加免疫细胞积累的作用,有助于血压升[34]。胞浆Ca2+浓度升高触发的肺血管重塑,是肺动脉高压的发病机[35]

通路分析表明,靶基因集主要参与神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、帕金森病、cGMP-PKG信号通路、cAMP信号通路等信号通路。与靶基因的主要功能类似,靶基因参与钙信号通路,与高血压存在密切关系。帕金森病属于最常见的神经退行性疾病之一,高血压可能是运动期帕金森病的危险因素,降低高血压等风险因素可能有助于控制帕金森[

36-37]。cGMP和cAMP是细胞内重要信使,通过cGMP-PKG通路可发挥降血压作[38],通过cAMP信号通路可以限制肺血管重塑和肺动脉高[39]。而神经活性配体受体信号通路在高血压中的报道较少,生物信息学分析显示其可能参与肺动脉高压的发生和进[40]

基于以上分析,可以看出葛根芩连汤是通过多成分、多靶点、多通路发挥降血压的作用。但由于未考虑药物活性成分之间的相互作用,靶基因上下调关系,以及药物成分、靶基因和疾病之间作用关系强弱差别,因此还不能揭示葛根芩连汤在治疗高血压中的全部脉络和主要作用关系。因此,后续研究将通过实验验证本分析中关键有效成分药效和相关靶基因、信号通路,以期为葛根芩连汤在治疗高血压方面的机制研究提供有效参考。

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