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基于网络毒理学探讨苍耳子的毒性机  PDF

  • 陈珂 1
  • 樊黎丽 2
  • 侯超峰 1
  • 杜一杰 1
  • 孟义人 1
  • 孟泳 2
1. 河南中医药大学(河南 郑州 450046); 2. 河南省中医院(河南 郑州 450002)

最近更新:2022-03-11

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摘要

目的

使用网络毒理学的方法预测苍耳子主要毒性成分的毒性作用机制。

方法

使用中国系统药理数据库与分析平台(TCMSP),比较毒物基因组学数据库(CTD),得到7种苍耳子的有毒活性成分;使用Swiss Target Prediction数据库查询苍耳子有毒活性成分的作用靶点;使用cytoscape软件对苍耳子的7种毒性成分、作用靶点蛋白进行互作网络构建;使用生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体生物过程功能富集分析与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得到苍耳子的有毒活性成分对机体产生危害作用的通路。

结果

苍耳子的有毒活性成分联系度最高的蛋白PTPN 1、BCHE、CHRM 2等以及苍耳子的有毒活性成分可能通过氮素代谢通路、雌激素信号通路、钙离子信号通路、TNF信号通路、cAMP信号通路等产生肝、肾毒性,对神经系统、呼吸系统以及循环系统的功能产生危害作用。

结论

苍耳子对机体的毒性作用是多种组分经多条途径、多种靶点而产生的。

苍耳子(xanthii Fructus),始载于《神农本草经》,是菊科植物的成熟带总苞果实,其味苦、辛,性温,归肺经,有毒,具有通鼻窍、除湿止痛、祛风散寒之功效,主要用于治疗鼻渊、风寒头痛以及湿痹等病[

1-4]。其成分复杂,主要包括酚酸类、木脂素类、黄酮类以及氨基酸类[5-9]。现代药理学研[10-12]表明,其成分具有抗过敏、抗炎、抑菌以及抗肿瘤等作用,但其毒性也不容忽视。《本草品汇精要》《本草新编》等中医古籍也记载,苍耳子有毒。现代临床与毒理学研[13-15]表明,苍耳子的毒性成分主要是苍术苷、羟基苍术苷、毒蛋白、倍半萜内酯类、氢醌以及羧基苍术酸钾等,其产生毒性的主要机制是脂质过氧化反应、胆汁淤积、线粒体损伤,此外还会抑制ADP/ATP对蛋白质在体内的转运,影响机体代谢并具有肝肾毒性[14-18]。苍耳子对机体的毒性作用并非单一途径,而是多条途径、多靶点共同作用的结果。苍耳子的主要毒性表现在应用中患者出现恶心、呕吐、心悸、呼吸困难,甚者出现实质性脏器损伤,其中尤以肝肾损伤较为严[19-22],可导致死亡。苍耳子作为中药,具有多成分、多靶点的特征,难以用单一角度去解释其毒理作用。其使用要注意炮制、服用剂量以及服用周期[23]

本研究采用网络毒理[

24]的方法,通过构建网络模型,从多角度对其毒理作用机制进行了研究,以期更好地指导临床合理应用苍耳子。

1 资料与方法

1.1 数据库及软件工具

中国系统药理数据库与分析平[

25](Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP,www.tcmspw.com/tcmsp.php)、Uniprot数据[26]www.uniport.org)、比较毒物基因组学数据[27](Comparative Toxicogenomics Database,CTD,http://ctdbase.org/)、Pub Chem数据库(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)、Swiss Target Prediction数据[28](http://www.swisstargetprediction.ch/)、STRING数据[29]https://string-db.org/)、生物学信息注释数据[30-31](The Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery,DAVID 6.8,https://david.ncifcrf.gov/)以及cytoscape软件(version 3.7.2)。

1.2 苍耳子成分筛选

TCMSP是基于系统药理学的研究方法,对药物化学、药物代谢动力学以及药物-成分-靶标网络-疾病网络进行整合的分析数据库。CTD数据库提供了影响人类化合物的数据信息,首先为全球研究人员提供了不同类型分子和生物体的毒理学数据。从TCMSP中获取苍耳子目前已知的成分,进一步根据生物利用度(OB≥30%)、类药性(DL≥0.18)获得符合要求的化合物。通过CTD数据库将TCMSP数据库筛选出的苍耳子的成分进行查询,获得苍耳子的有毒化合物。

1.3 毒性化合物的候选靶点选取

Swiss Target Prediction数据库是一个根据化合物的2 D和3 D结构精准预测化合物作用靶点信息的数据库。使用PubChem数据库查询从CTD数据库中获得的有毒化合物,将化合物的Canonical SMILES输入到Swiss Target Prediction数据库中,限定物种为人,得到靶点蛋白与Uniprot ID。使用uniprot数据库的Uniprot KB功能,得到靶点基因,将其作为TCMSP数据库已获得靶点的补充。

1.4 毒性成分-靶点网络构建

获得苍耳子的毒性成分及其相关靶点后,构建毒性成分-靶点网络。并使用Cytoscape 3.7.2软件使其可视化。

1.5 靶点蛋白网络(protein-protein interaction,PPI)构建

使用STRING数据库,将苍耳子的有毒成分与成分相对应的靶点导入其中。选择人作为其物种,获得靶点蛋白网络关系互作图,保存其TSV格式,保存其格式中的node 1、node 2与Combined score。导入cytoscape 3.7.2,并进一步调整节点和相连线段的大小与颜色以反映度值(degree)的大小,以获取PPI。

1.6 代谢通路与生物过程分析

使用DAVID 6.8数据库将苍耳子毒性成分对应靶点的基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)生物过程(biological process,BP)功能富集分析与京都基因和基因组百科全书 ( Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG) 通路富集分析,并选择人作为物种,得到苍耳子影响的代谢通路。

2 结果

2.1 苍耳子成分筛选

从TCMSP数据库中获得苍耳子目前已知的活性成分111种,筛选出具有良好的口服生物利用度(OB≥30%)与类药性(DL≥0.18)的化合物11个,见表1。从CTD数据库中共获取7种苍耳子目前已知的有毒成分,见表2

表1 苍耳子成分筛选
编号OB(%)DLPub Chem CID
MOL011676 39.97 0.47 20055804
MOL011678 36.91 0.75 6916037
MOL000359 36.91 0.75 12303645
MOL000471 83.38 0.24 10207
MOL007326 31.76 0.68 5281769
MOL000011 68.83 0.66 442510
MOL000358 36.91 0.75 222284
MOL000449 43.83 0.76 5280794
MOL001755 36.08 0.76 5484202
MOL008647 86.71 0.26 5280537
MOL011169 44.39 0.82 5351516
表2 苍耳子中的毒性化合物
编号化合物名称CASPub Chem CID
MOL011676 carboxyatractyloside 77228-71-8 20055804
MOL000359 sitosterol 83-46-5 12303645
MOL000471 aloe-emodin 481-72-1 10207
MOL000358 beta-sitosterol 83-46-5 222284
MOL000449 Stigmasterol 83-48-7 5280794
MOL001755 24-Ethylcholest-4-en-3-one 67392-96-5 5484202
MOL008647 Moupinamide 66648-43-9 5280537

2.2 毒性成分靶点查询结果

苍耳子的7种有毒成分从TCMSP数据库和SwissTargetPrediction数据库中共得到367个靶点蛋白,去除重复蛋白后获得215个靶点蛋白。

2.3 毒性成分-靶点网络构建

将苍耳子的毒性成分和其相关作用靶点导入Cytoscape 3.7.2中,构建毒性成分-靶点网络。共有222个节点(215个靶点蛋白和7个有毒成分)与367条边。紫色三角形表示有毒活性成分,绿色方形表示不同成分的同一靶点,蓝色八边形表示同一成分的不同靶点,见图1。节点的重要性用degree值与介数中心性(Betweenness Centrality)来反映,见表3。

表3 苍耳子主要毒性成分的网络拓扑学参数

化合物名称连接度介数中心性
carboxyatractyloside 2 1.0
sitosterol 49 0.06517148
aloe-emodin 20 0.11360166
beta-sitosterol 79 0.28757607
Stigmasterol 73 0.23242233
24-Ethylcholest-4-en-3-one 45 0.20036094
Moupinamide 99 0.65432797

2.4 靶点PPI构建

将得到的苍耳子的215个靶点导入STRING数据库里,共有169个靶点蛋白发生相互作用,共有2802条代表靶点蛋白相互作用的边。节点越大与之相对应的degree值就越大,节点颜色由蓝变橙对应的degree值也越大。见图2。

2.5 生物过程与通路分析

使用DAVID 6.8数据库对苍耳子的215个靶点基因进行GO生物学过程富集分析和KEGG信号通路富集分析。筛选得到 GO_BP 条目392个(P<0.05)和KEGG信号通路91条(P<0.05),按照P值从小到大排列,前10 条主要生物过程和前15条的信号通路富集分析分别见表4表5

表4 生物过程富集分析结果
GOterm_BP关联基因( % )P
response to drug 16.82 1.05×10-23
steroid hormone mediated signaling pathway 8.88 6.28×10-21
transcription initiation from RNA polymerase II promoter 10.28 3.26×10-16
intracellular receptor signaling pathway 6.54 5.74×10-14
extracellular matrix disassembly 6.54 1.09×10-11
cell proliferation 11.68 4.23×10-11
ephrin receptor signaling pathway 6.54 5.54×10-11
positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade 8.41 8.16×10-11
peptidyl-tyrosine phosphorylation 7.94 9.86×10-11
positive regulation of nitric oxide biosynthetic process 5.14 1.11×10-10
表5 KEGG信号通路富集分析结果
信号通路关联基因( % )P
Pathways in cancer 0.13 9.99×10-12
Prostate cancer 0.06 1.09×10-9
Neuroactive ligand-receptor interaction 0.10 3.40×10-9
Hepatitis B 0.07 4.53×10-9
Colorectal cancer 0.05 1.22×10-8
Nitrogen metabolism 0.03 4.95×10-8
Chronic myeloid leukemia 0.05 7.11×10-8
p53 signaling pathway 0.04 2.99×10-7
Non-small cell lung cancer 0.04 4.68×10-7
Cell cycle 0.06 8.46×10-7
Estrogen signaling pathway 0.05 2.50×10-6
Proteoglycans in cancer 0.07 3.12×10-6
Bladder cancer 0.03 3.41×10-6
Progesterone-mediated oocyte maturation 0.04 4.38×10-6
Steroid hormone biosynthesis 0.04 6.06×10-6

3 讨论

3.1 苍耳子毒性成分-靶点网络构建结果分析

本研究在获得苍耳子的有毒成分与靶点后,构建毒性成分-靶点网络,获得PTPN 1、BCHE、CHRM 2等节点degree值较高的靶点蛋白。

Degree值为5的PTPN 1(Protein Tyrosine Phosphatese Non-receptor type 1),又称PTPIB,是一种以调节络氨酸磷酸蛋白的磷酸化来发挥其功能的蛋白络氨酸磷酸酶,可以调节细胞的增殖、生长、分化以及凋亡等过程的多个信号通路。PTPN 1的异常会导致阿尔兹海默症、肿瘤、肝损[

32-34]等多种疾病的发生和发展,苍耳子引起的肝损伤可能与此有关。

Degree值为5的丁酰胆碱酯酶(butyrylcholinesterase, BCHE),是由肝脏合成的,广泛存在于血浆、神经胶质细胞的胆碱酯酶,与糖尿病以及精神系统疾病等有关。据文[

35-36]报道,激活胆碱能通路能缓解炎症反应导致的脏器损伤,苍耳子导致的肝肾功能损伤可能与此有关。

Degree值为5的CHRM 2,可调节钙离子或钾离子通路,从而影响神经元的兴奋性,可能会引起抑郁症等[

37-38]

3.2 苍耳子有毒成分对应靶点PPI构建结果分析

由苍耳子有毒活性成分对应靶点互作网络可得到其中degree值较高的靶点蛋白,如MAPK 3、TP 53以及EGFR等,苍耳子可能通过这些靶点蛋白而产生毒性作用。

Degree值为77的是丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK 3)。丝裂原活化蛋白激酶是细胞的重要传递者,对细胞生长、分化具有调节作用,还能调节细胞的应激反应、炎症反应等多种细胞过程。其异常表达会导致多种疾病的发生、发展(如肿瘤、胆汁淤积等)。从CTD数据库中得知,某些药物还会通过此靶点造成肝肾功能损[

39-40]

Degree值为72的是细胞肿瘤抗原53(Tumor Protein 53,TP 53),位于17号染色体上。其主要功能是调节细胞分裂与增殖、维护基因的完整性与促进细胞凋亡。TP 53的异常会诱导多种肿瘤的发生和发展,此外,苍耳子造成的肝肾损伤与TP 53也有一定关[

41-42]

Degree值为69的是表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)。EGFR作为信号传导的受体,其功能是调节细胞的生理、生化过程,与肿瘤密切相关。此外,EGFR的异常会影响呼吸系统、泌尿系统以及消化系统的正常功[

43-44]

3.3 苍耳子毒理作用机制及原理分析

在临床应用中,苍耳子的不良反应主要有:以恶心、呕吐为主要表现的消化系统功能损害;以呼吸困难、咳嗽为主要表现的呼吸系统功能损害;以少尿、血尿、蛋白尿为主要表现的泌尿功能损害;以头晕、昏迷为主要表现的神经系统功能损害;以血压升高和心悸为主要表现的循环系统功能损伤。此外,苍耳子外用还会出现局部瘙痒和红肿等毒性作[

15]。GO生物过程富集分析结果表明,苍耳子可能通过调节多种生物过程而产生毒性作用。通过KEGG通路富集分析得出,苍耳子可能通过氮素代谢、雌激素信号、钙离子信号、TNF信号以及cAMP信号等通路而产生毒性。

氮素代谢(nitrogen metabolism)是机体内一种重要的合成与代谢生理途径,对维持细胞内外的稳态起着重要的作[

45]。从CTD数据库得知,多种疾病的发生、发展与此有关。

雌激素信号通路不仅与维持雌性机体的第二性征有关,还与骨质疏松、乳腺癌以及心血管疾病的发生和发展有很大关系。此外,还可通过调控多个基因(如ADCY 5、ITPR 1、EGFR),造成肝肾功能损伤及对循环系统产生影[

46-47]

细胞内外钙离子的浓度与细胞生理活动和维持细胞的存活密切相关。某些药物可破坏细胞膜的通透性以及细胞膜上相关的酶,导致细胞内外钙离子的浓度改变,从而引起血压升高、肝肾损伤等一系列生理病理改变。苍耳子亦可能通过调控钙离子信号通路导致毒性的发生发展。

肿瘤坏死因子(TNF)信号通路不仅参与杀伤肿瘤细胞,还与全身炎症反应有关。肝肾功能损伤和胆汁淤积等多种生理损伤可能与TNF信号通路有[

48-49]。此外,有研[50]证实,TNF会导致肝损伤小鼠的肾小球滤过率降低。

综上,苍耳子对机体的毒性作用是多种组分经多条途径、多种靶点而产生的。本研究使用网络毒理学的方法报告了苍耳子对人体可能产生的毒性机制和途径,对今后苍耳子的研究与临床应用具有一定的意义。

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