重视气化、气机理论，是《伤寒悬解》的又一学术特色。基于《黄帝内经》的学术立场，该书明确了气化、气机活动是人体脏腑经脉机能活动的基本形式，即以中气为枢机，驱动全身气化、气机的升降出入、离散聚合，从而实现整体的生命活动。气化、气机活动一旦紊乱失序，便成为人体罹病的关键病机。这正是该书应用气化、气机知识分析伤寒六经病证及其出汗、排尿、痰饮、舌苔、脉象等症状发生机制的缘由和底层逻辑。不同体质类型的人类，其脏腑经脉的气化、气机方式各有差异，必然在伤寒六经病证中产生差异化的病理反应。这亦是该书应用体质理论，阐释六经病的种种从化反应、病证传化，乃至临证治疗决策及处方用药取效机制的根本所在。