“脏腑别通”理论核心为脏腑气化相通，其中脾与小肠、胃与心包相通的理论与小儿功能性消化不良（FD）发病密切相关。小儿“脾常不足”“心神未稳”，常因饮食不节、情志波动等，形成脾失健运与小肠泌别清浊失常，胃失和降与心包气机郁滞的双向病理循环，此为核心病机。治疗应遵循通调别通脏腑、平衡气机原则，同时兼顾小儿稚阴稚阳之性，针对不同证型选用七味白术散、枳实导滞丸、保和丸、炙甘草汤加减，为小儿FD中医辨治提供新思路。