目的 研究明清医案中发热伴出疹症候群（RFS）的用药规律，为临床RFS相关传染病的治疗提供借鉴和思路。方法 基于《中华医典》数据库中明清时期发热伴出疹症医案，建立子数据库，采用Apriori算法进行关联分析，运用二元-Jaccard相似系数法进行聚类分析。结果 纳入方剂156首，中药199种，总用药频次为1818次。用药频率最高的3味药是：连翘、甘草、牛蒡子。药性以寒为主；药味以苦为主；归经以肺经为主，胃经次之；功效分类最常用的是清热药、解表药、化痰止咳平喘药、补虚药和利水渗湿药。两味药关联规则分析中，牛蒡子→连翘的支持度最高，为32.47％；金银花→连翘的置信度最高，为80.77％；犀牛角→生地黄的增益最大，为2.37。得到的五类聚类结果为：清营汤合黄连解毒汤合贝母瓜蒌散、白虎汤、三仁汤、菖蒲郁金汤、银翘散。结论 明清时期发热伴出疹症医案的用药规律是：治法以清透养阴为纲，兼顾化痰祛湿；病位以肺胃为重，需注重防邪内传厥阴；用药以苦甘相合为法，佐以辛散透邪。