细胞自噬参与脑缺血再灌注损伤（CIRI）全过程，受多种因素干预，与CIRI其他机制相互影响形成串扰作用，对CIRI发挥保护和损伤的双重作用，因此，合理调控自噬对于CIRI前期预防和后期治疗意义重大。中医药具有多组分、多靶点及整体调节特点，在调控炎症介导自噬、氧化应激介导自噬、线粒体损伤介导自噬、内质网介导自噬及自噬与凋亡方面存在优势。该文章分析了CIRI后细胞自噬激活并参与CIRI病理全过程及中医药对自噬机制的调控作用，以期为临床治疗提供新角度、新策略。