目的 阐述中药干预肺泡蛋白沉积症（PAP）的分子基础及用药规律。方法 通过DisGeNET、OMIM等疾病数据库，检索PAP相关靶点，利用TCMSP等数据库收集可作用于PAP相关靶点的化合物及中药，构建靶点-化合物-中药等网络，分析干预PAP的核心化合物及关键中药。通过分子对接评价网络中靶点与化合物的结合度。结果 共获得65个可以匹配到化合物的PAP相关靶点，所得核心靶点为PPARG、CSF2RA、TNF等。共检索到247种化合物，核心化合物包括槲皮素、山柰酚等。分子对接结果显示网络中靶点与化合物的结合较好。共获取干预PAP的中药447味，主要以辛寒、苦寒清热类中药为主，多归肝、肺经。关键中药有银杏叶、半枝莲等。结论 本研究以网络药理学方法探索中药干预PAP的分子基础和用药规律，推测PAP的中医病机、治法，拓展了罕见病的中医病机、治法的探索思路。