《神农本草经》在对君臣佐使组方用药基本结构的阐述中强调首先考虑选用补益药，还要重视选用毒性药为主要用药。《黄帝内经》所阐述的君臣佐使组方用药基本结构，既突出君药在治病过程中起主导作用，又突出臣药及佐使药在针对疾病次要方面用药更多。《方剂学》等书籍运用君臣佐使理论解释方药之间关系的主要弊端为：对方剂中组方用药命名君臣佐使有很大的片面性、主观性、盲目性、模糊性和随意性；运用君臣佐使理论解说方剂用药的基本作用，无论怎样解读，最终得出的结论方中用药都是正确的，药与药之间的配伍关系都是合情合理的；运用君臣佐使理论解读方中用药，根本无法发现方中用药在治病过程中的局限性和不完整性，未能从所发现的问题中完善组方用药。因此，《方剂学》等书籍的君臣佐使理论只能培养出教条僵化、不切合临床治病思维模式的学生，难以培养出中医药临床高级实用人才，因而对其运用君臣佐使解读方中用药关系的片面性、主观性、盲目性进行摒弃已迫在眉睫。